Функционирование СУ при пуске ракеты осуществляется по строго определенной программе и полностью автоматизируется. Пуск МБР осуществляется в короткое (для американских МБР примерно 30 с) время, для чего гироскопические приборы во время дежурства непрерывно задействованы. Система управления является самой сложной и одной из самых дорогих систем современных РСН. Масса приборов управления современных РСН составляет 100-200 кг.

Точность попадания боеголовок РСН, характеризуемая их рассеиванием относительно точки прицеливания, при использовании автономных СУ зависит от многих факторов. Составляющие рассеивания принято делить: на техническое рассеивание, обусловленное неточностями управления полетом ракеты и разведения ее боеголовок, а так же рассеиванием их на конечном участке траектории при движении в атмосфере; рассеивание вследствие погрешностей астрономо-геодезического обеспечения пуска и полета ракет.

Первая группа составляющих рассеивания (ошибок) определяется в основном несовершенством конструкции и неточностью изготовления приборов СУ, упрощением алгоритмов вычисления параметров движения ракеты и решения задачи управления ее полетом, погрешностями механизмов отделения боеголовок, а также разбросом конструктивных характеристик отдельных боеголовок, вследствие которого они движутся при входе в атмосферу по разному. Приведенные данные относятся к РСН наземного базирования. Для ракет этого класса использование автономных инерциальных СУ наиболее обоснованно, так как составляющая рассеивания, вызываемая ошибками определения координат точки старта, для них может быть предельно уменьшена.