Для РСН, место старта которых переменно (ракеты подводных лодок, подвижных наземных комплексов), применение автономных СУ связано с необходимостью определять перед пуском ракеты ее местоположение, что может представлять определенные трудности. На первых образцах БРПЛ применялись автономные инерциальные системы управления.

При этом предельные отклонения точек падения боеголовок этих ракет были больше, чем отклонения боеголовок ракет наземного базирования, основной причиной чего были неточности определения местоположения подводной лодки в момент старта ракеты.

Для РСН, точки старта которых меняются, может оказаться более целесообразным применение СУ с коррекцией полета ракеты на АУТ. Такие системы были освоены в процессе развития БРПЛ. Они основаны на использовании информации от внешних источников. Первым вариантом таких СУ является система с астра коррекцией полета ракеты.

На ракете устанавливаются приборы, измеряющие в полете азимуты выбранных звезд, на основании чего уточняются данные по прицеливанию ракеты и определению координат точки ее старта. При сравнении ракет по точности следует иметь ввиду, что точность при использовании автономных СУ зависит от дальности. Поэтому прямое сравнение правомерно только в случае, если дальности сравниваемых ракет близки. В противном случае требуется вводить поправку на дальность.

Второй вариант СУ данного типа основан на использовании информации от специальной космической системы. Эта система включает несколько космических аппаратов, передающих радиосигналы об их положении, привязанные ко времени. Система "Навстар" США предполагает наличие на орбитах высотой около 20 000 км одновременно до 24 космических аппаратов (КА).